Il n’existe actuellement pas de méthode de gestion connue pour éradiquer ou contrôler les populations de Cercopagis pengoi. La prévention est le seul moyen pour éviter les introductions et la dispersion de l’espèce. La gestion et décontamination des eaux de ballast doit permettre de réduire fortement les introductions.
Pour prévenir les introductions secondaires dans les milieux aquatiques, des mesures de biosécurité peuvent être appliquées pour limiter la dispersion des adultes : nettoyage du matériel de pêche et des bateaux avec de l’eau chaude (40°C), nettoyage haute-pression ou séchage à l’air libre pendant 5 jours (GISD, 2016). Les oeufs de C. pengoi sont en revanche difficile à éliminer, car pouvant résister au gel et à la sécheresse pendant de très longues périodes (plusieurs années) (GISD, 2016).